在試管嬰兒的醫療過程中，確實會給使用大量的雌激素和孕激素的治療，而雌激素的刺激有可能會導致子宮內膜異常增生，同時這種對卵巢的刺激也有可能會導致卵巢的一些異常的增生，較終發展成一些惡性的腫瘤。

但以上都是理論上的，到目前為止并沒有報道表示因為接受了試管嬰兒治療而導致發生惡性腫瘤的發病率增高的數據支撐。而在2013年的Journal Fertility and Sterility雜志上，刊登了一組實驗，評估長期癌癥風險是否與體外受精(IVF)相關。他們對87403名婦女進行了評估和治療不孕，從1994年9月25日或之后，被跟蹤的癌癥發展到2011年6月22日。結果發現：體外受精與乳腺癌，子宮內膜癌或卵巢癌的風險沒有顯著的關系。即便接受1~3個IVF周期的婦女患子宮內膜癌的風險也不顯著提高。相反，在接受體外受精和其他生育治療的婦女中，原位宮頸癌的風險顯著降低，浸潤性宮頸癌的風險沒有顯著降低。

另外，雖然做試管嬰兒用的藥量會非常的大，但并不是長期用藥。藥物的刺激除了質量要足夠之外，還有時間要足夠久，而惡性的腫瘤是一個緩慢發展的過程。一般來說，促排卵周期大概也就是十天左右，加上懷孕了以后的黃體支持，那也就是兩個月左右，這個時間并不算是一個很長的時間。而且做試管所用的藥物并不會長期殘存在體內，而是會隨著身體的新成代謝給自然代謝掉，加上本身就是控制性促排卵，是以降低促排并發癥為前提的。總的來說，做試管嬰兒與惡性腫瘤沒有相關性。所以，在目前沒有證據的情況下，醫療上還是認為做試管嬰兒相對安全，導致腫瘤的風險并沒有增加。

也就是說，如果癌細胞本身存在，做不做試管嬰兒早晚都會發生突變，只是時間問題。即使自然懷孕，也無法避免癌變的發生。但是對沒有做試管嬰兒指征的病人來說，當然也希望她不要輕易的去選擇做試管嬰兒，畢竟，這種大劑量的雌孕激素的刺激對機體細胞的異常增生

還是會有一些不良反應的。